De therapeut brengt samen met de cliënt de gedachtenpatronen in kaart die betrekking hebben op de klacht. Vervolgens worden deze getoetst aan de realiteit. Er wordt nagegaan hoe functioneel de denkbeelden zijn, en welke consequenties ze hebben. Het accent ligt dan op het aanleren van nieuwe, positieve gedachten. Dit leidt tot een verandering in het gedrag, waardoor de klacht verminderd. Het kan ook voorkomen dat de nadruk van de therapie meer op het gedrag ligt.
Het uitgangspunt is in dat geval het afleren van aangeleerd gedrag dat een negatief effect op de klacht heeft. Ook dan wordt er echter rekening gehouden met de invloed van het denken op het gedrag. Kortom, binnen de cognitieve gedragstherapie staat de koppeling tussen het denken en het gedrag van de client centraal.